Hola.
Cita: [...] Pero sigue habiendo ciertas modificaciones que no acabo de ver la manera de llevarlas a cabo sin machacarlas y tenerlas que rehacer la próxima vez que actualice la aplicación.
Mi aporte en cuanto a buenas prácticas es simple: jamás modifiques el core de wordpress. Realmente (casi) todo puede modificarse sin necesidad de ello, como decís, mediante hooks ya sean en plugins o en el functions.php. Si en algún momento te ves en la necesidad de hacerlo, detenete, replantealo.
Con los plugins lo mismo. No los modifiques al menos que estés absolutamente seguro que no los tendrás que actualizar nunca. Y de ser necesario, planteale al autor la necesidad de hacerlo o mejor: modificalo y pasale tus modificaciones al mismo para que vea la posibilidad de incorporarlo en la próxima versión.
Ahora.. me gustaría que cuentes ejemplos de esto que cité arriba.
Saludos