Yo lo hago de la siguiente manera obimente creas la carpeta css en donde se encuentra la carpeta sustem y la aplicaction no se por que motivo codeigniter no me permite crear mas carpteas ahy haci que lo que hago es crear dentro de la css una carpeta js y desde ahy llamo a todos lo archivo js que quiera añidir de la siguiente manera
Suponiendo en este caso que mi base url es la del localhost (
http://localhost/misitio/) si es que es haci lo llamas de esta menera por que si es que a la base url no le pones el ultimo "
/" no cargara el archivo
Cita: <script type="text/javascript" src="<?php echo base_url(); ?>css/js/archivo.js"></script>