Cita:
Iniciado por gebremswar 
... de que un applet no es la mejor opción para el upload por lo mismo que describes. De ser así, me gustaría que nos comentes ...
Yo te pedí que nos comentes porque optaste por el applet inicialmente.
Pero tu:
Cita:
Iniciado por carlosmedinna Correcto, es una aplicación Java... y lo sé, el Jquery no es precisamente seguro, pero me decidí por él porque a mi jefe le parece que queda "chulo" y ...
Supongo que tendremos que apañarnoslas con el Java que tenemos actualmente...
-Vamos, ya quedo claro de que el applet solo te acusará problemas (tal cual lo estas experimentando).
-Espero que sepas que JQuery es un framework JavaScript (que no es lo mismo que java).
El implementar una solución para el upload de archivos con JQuery me parece acertada. Pero como bien se sabe el framework JQuery no hace el upload por si solo, necesitas un lenguaje de programación del lado del servidor como PHP, PERL, ASP, o Java (tecnología JSP) para cumplir dicho fin.
Ahora que recuerdo, aun no especificas con que lenguaje de programación esta desarrollado tu aplicación web.