Hola:
Las respuestas Ajax son texto plano (responseText) o una estructura XML (responseXML)... o sea cabeceras text/plain o text/xml, y javascript es text/javascript, así que por norma los scripts que llegan por Ajax merecen un trato especial... si usas una librería deberías informarte de como ejecutar esos scripts... si ese es el caso podemos mover el tema al foro de frameworks y plugins donde te podrían asesorar mejor.
Saludos
