según lo que entiendo estas creando mal las tablas, la tabla Municipios si puede tener el campo municipios como indexado sin duplicados, pero seria ideal que sea un código o id como pk y el nombre del municipio y población como datos, luego lo que denominas tabla Principal debería ser tabla Proyecto, igual con un código como pk y el nombre del proyecto como dato, finalmente una tabla MunicipioProyecto donde registrarías los proyectos que maneja cada municipio
