Bueno igual puedes revisar algunas paginas que hablan de ello
http://lmgtfy.com/?q=SQL+Server+Express+vs+MySQL...
Yo siempre lo he hecho con MySQL, cuestion de gustos, en tu caso que tienes más experiencia con SQL Server pues aprovecha, aun que nunca es malo probar nuevas aguas.... ademas como que leo tu mensaje y me da la impresion de "
Quiero que me digan qye use SQL Server, pero aun asi pregunto por MySQL, pero diganme que use SQL Server!"
Saludos...