RewriteBase antepone esa carpeta a los destinos que fijes en RewriteRule, aunque no veo ninguna en tu ejemplo
No se bien que estás intentando
Para fijar una url base para tus links se utiliza el tag
<base> de html
ej:
<base href="/carpeta/" />
con lo que tus links se construyen
desde
<a href="x.html">x</a>
y van a buscar
/carpeta/x.html
Saludos