Cita: Se puede guardar una base de datos MySQL en una unidad de almacenamiento diferente al rígido..? Digo, que una tabla de base de datos se guarde en un pendrive, por ejemplo.
No, un pendrive no es opción para instalar la base en MySQL. Se necesita que sea una unidad fija (hard disk), aunque no necesariamente en el disco primario.
Cita: Probe cambiando la ruta en los archivos de configuración y no me los toma.
No depende de archivos de configuración de PHP, sino de la configuración de la instancia de servidor al instalar MySQL. Y no se puede modificar si usas paquetes preensamblados como WAMP, XAMPP, AppServ o cosas similares.
Cuando instalas el MySQL es cuando puedes reconfigurar el disco y la carpeta donde se crearán los archivos .bin, que son los que realmente contienen los datos.
El tema de la instalación y configuración de una base de datos en discos o unidades diferentes es un tema complejo. No estás trabajando con Access, por lo que no puedes esperar que la cosa sea tan simple como cambiar un path.
Mi sugerencia es que estudies el tema de instalación y configuración de MySQL directamente de la documentación oficial (manual de referencia), antes de meterte a experimentar cosas. El tema es complejo.
No es porque sí que la administración de bases de datos es una especialidad completa en las empresas.
Dale una buena estudiada al manual antes de intentarlo. Si tienes dudas sobre lo que significan las cosas que leas, pregunta.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/index.html
Por otro lado, una pregunta: ¿Para qué exactamente quieres cambiar la ubicación de la base de datos? ¿Qué es lo que esperas lograr?