Para subir una imagen o en general un fichero no tendrias que tener problema, en los script para subir imagenes se suele poner un filtro para que no te suban cosas que no lo sean, es posible que el tuyo solo admita jpg analiza el codigo y modificalo para que admita png o gif....si nos muestras el script te podremos ayudar.
Pero si el mismo script ademas de subir el fichero, redimensiona la imagen es posible que solo lo sepa hacer para jpg con lo que si tendrás un problemas....
Por si te sirve
PHP-GD: Resize Transparent Image PNG & GIF