Gran Problema CSS con Diseño y DIV's ¿Se podrá hacer?

[furoya]

Tu problema, como tu título, no son muy claros, albertcito.

Vamos a suponer que lo que quieres es que se pueda clickear el rectángulo rojo, a pesar de estar tapado por el que tiene la imagen negra.

Simplemente haces "transparente" al click el que tiene la imagen negra. Es CSS, y ya está explicado en uno de los enlaces.

Vamos a seguir suponiendo que quieres clickear "a través" de la capa que está adelante, pero que la página tiene animaciones (aunque sea el arrastre de la escrolbar) y el área activa debe ser dinámica para seguir esos movimientos. Se crea una capa de imagen con shape's de las formas a seguir, y se ajusta una vez cargado el documento con javascript; que también te puede servir para reescribir y desplazar las áreas activas según la posición del scroll.

Eso está explicado en los enlaces que te dejé.

Como no podemos ver la página (y tampoco tengo ganas) no hay manera de saber exactamente cómo aplicar una solución a un problema que tampoco queda claro.
Tienes que estudiar las opciones. Y resolverlo tú, que supongo ya sabes lo que buscas.