Aunque, Creativo, existe pa posibilidad de que sean unos cuadros fantasma.
Un png transparente es en realidad un archivo con una máscara. Puede ser que simplemente también estés quitando solamente la máscara. Algunos programas hacen eso, remover simplemente el canal alfa dejando ver lo que hay debajo.
En tu programa (Photoshop, Photopaint, Gimp) si es que no funciona lo que dice Creativo, crea una capa (blanca o del color que necesites) y aplana las capas.