investiga sobre las funciones
imagealphablending y
imagesavealpha, yo las utilicé para crear un generador de sprites, en tal caso las usé así:
$rs_icon = imagecreatetruecolor($sc_width, $sc_height);
imagealphablending($rs_icon,
false);
imagesavealpha($rs_icon,
true);
saludos y espero te sirva
