Código Apache:
Ver originalRewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-d
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f
justamente sirven para eso, son condiciones para prevenir que se cumpla la regla si existiesen archivos o carpetas del mismo nombre.
Podes invertir la condición, quitando el signo de negación !, pero te encontrarías con que si no existiesen carpetas iguales a la url, no se cumpliría la regla
Es decir, si tu link es
<a href="descargas">Descargas</a>.
solo iría al index si existe carpeta "descargas", pero quiero creer que si en tu htaccess estas usando algún tipo de comodin (\w+), también tenés
<a href="otracosa">otracosa</a>.
<a href="algomas">algomas</a>.
Y obviamente no tiene mucho sentido andar creando carpetas vacias con esos nombres para que se cumpla la regla
mod_rewrite debe de acompañar en la lógica a la estructura que crees, si no pierde funcionalidad. O no se crea la carpeta descargas, ó no se utiliza el href descargas, o se crea una expresión que contenga descargas como un prefijo ó sufijo de la misma (o alguna variante que te permita diferenciar una cosa de la otra