Tienes que tener en cuenta que cuando estas comparando con un if si algo es igual a algo tienes que poner dos signos igual:
Código PHP:
Ver original$consulta = mysql_query("SELECT certificado FROM usuarios WHERE id = $id");
if ($valor['certificado'] == '0') {
echo "Usuario en espera de certificación";
}else{
echo "Lo que quiero mostrar si el usuario está certificado";
}