error de memoria al ejecutar query de 651530 registros

[marcos0586]

hola, le comento que hice una consulta de mysql con el sql yog en la cual me trae 651530 registros y tarda 00:00:11:247 hasta ahi todo bien el prblema se me presenta cuadno lo quiero ejecutar desde mi aplicacion de php la cual queda procesando el query y despues dice que tiene problemas de memoria, ya le extendi el tiempo de proceso de Resource Limits en el php.ini de sistem 32 y en el que esta dentro de mi carpeta de php pero sigue pasando lo mismo queria saber si hay alguna otra manera de solucionar este problema y que se puede hacer para que la consulta no sea tan pesada.
lo que intente hasta el momento fue hacer la consulta lo mas limitada posible con inner join e intente hacer varias consultas iguales desde php pero con un limit en cada consulta es decir la primera trae desde el registro 0 hasta el 20000 la segunda desde el 20000 hasta el 40000 como para que me traiga los mismos registros pero por partes y los voy guardando en en array pero lei por ahi que eso hace mas lento todavia porque ocupa mas recursos y la verdad que no se como se puede solucionar esto, si alguien me puede dar una mano se lo agradeceria mucho.