En el foreach cambia tu codigo a:
Código PHP:
foreach($_POST["select-folder"] as $index => $folder) {
Con ello obtienes el índice de la variable y sabrás a cual file pertenece. Ejemplo:
Código PHP:
$_POST["select-folder"][0] = 'public';
$_FILES["file"][0]['tmp_name'] = 'something';
$_POST["select-folder"][1] = 'public';
$_FILES["file"][1]['tmp_name'] = 'something';
Es decir, que el $index del foreach que te digo debe ser igual al índice del array que trae los archivos.