Cita:
Iniciado por cvelazquez 
En el foreach cambia tu codigo a:
Código PHP:
foreach($_POST["select-folder"] as $index => $folder) {
Con ello obtienes el índice de la variable y sabrás a cual file pertenece. Ejemplo:
Código PHP:
$_POST["select-folder"][0] = 'public';
$_FILES["file"][0]['tmp_name'] = 'something';
$_POST["select-folder"][1] = 'public';
$_FILES["file"][1]['tmp_name'] = 'something';
Es decir, que el $index del foreach que te digo debe ser igual al índice del array que trae los archivos.
Hola que tal
cvelazquez gracias por responder, lo acabo de probar así como comentas y sigue sucediendo lo mismo.
Saludos!