intenta pasarlo asi desde el index
$path = dirname(__FILE__);
set_include_path($path."/dir/dir2/dir3/");
phpinfo();
http://es.php.net/manual/es/function.dirname.php
y dime que muestra includepath en el core
yo lo acabo de pasar asi en mi servidor y funciona perfectamente
O prueba de esta otra manera que alomejor te sirve mejor
$path = getenv(__FILE__);
set_include_path($path."/dir/dir2/dir3/");
phpinfo();
http://php.net/manual/es/function.getenv.php