La caché se hace del CSS, JS, imagenes... nunca del código php...
Para esto, hay soluciones...
Una que he visto frecuentemente, es usar algo como "la version" del archivo. Cuando linkas un js, css, le añades al final un ?version=2.0001.2321.21 y cada vez q quieras actualizar, cambias el número de versión, y listo
Aunq no todos los navegadores "cachean" a partir del ?, puedes usar htaccess para cambiar por ejemplo myfile_12312312.js por myfile.js?12312312 (o myfile.js?version=12312312) y así te aseguras el cacheo correcto segun cambies el código en todos los navegadores...
Espero haberme explicado :)
(PD: Lo de q ponga version no hace falta, puedes poner sólo numeros, o lo q quieras ;) )
PD2:
Tb puedes setear la caché de los JS a solo 1 día, o cosas así xD
Edit:
http://stackoverflow.com/questions/3...vascript-files ;)