Código SQL:
Ver originalSELECT *
INTO [baseDESTINO].[dbo].[tabla]
FROM [baseORIGEN].[dbo].[tabla]
EXCEPT
SELECT *
FROM [baseDESTINO].[dbo].[tabla];
Esta es la solución mas simple, pero ten cuidado: si en las dos tablas hay dos filas con la misma clave que no son identicas- el sistema te arrojara un error.