hay algo que no se entiende en el planteo
Cita: Algunos de esos recursos dependen de los mismos archivos js
A que recursos te referís, el que solicita los recursos es el navegador independientemente de si estos se invocan desde un js, un html ó un php, basta poner los headers apropiados via .htaccess para decidir que recursos y durante cuanto tiempo querés que estén vigentes en la cache
Saludos