Eliminar un nodo XML en PHP

[abimaelrc]

Tal cual lo pones sale, acuérdate que como son etiquetas posible no se visualiza en el navegador a menos que envies un encabezado indicando que lo que vas a mostrar es XML. Pero para que veas que resulta solo haz algo así al final

Código PHP:

echo htmlentities($doc->saveXML());
 

Edito: Si lo que quieres es modificar el archivo solo usa save en vez de saveXML