Archivos javascript no funcionan en servidor remoto

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1) Si el archivo que llama al JS es un script del lado del servidor (PHP, ASP, etc.), la respuesta del mismo dependerá de factores concretos del servidor en que se ejecute (por ejemplo, un error ocasional), por lo que un mal parseado del (x)HTML puede conducir a que no se lea el JS.

2) Los archivos pueden ser accesibles por una petición GET aislada al solicitar directamente el archivo por la barra del navegador, pero eso no demuestra que el archivo principal lo esté haciendo.

3) Si los archivos se piden en sistemas distintos como Windows y Linux la referencia a los recursos puede ser o no case-sensitive, por lo que Script.js y script.js no son indistintos.

4) Si tuvieras algún mecanismo de cacheado cross-domain activado podría haber algún tipo de prevalencia entre la versión local y la remota; es algo raro, diría rarísimo o casi imposible, porque los navegadores cachean por URL absoluta.

5) SI deseas asegurarte de copias exactas de directorios totalmente sincronizadas, puedes utilizar herramientas como rsync, y también comprobar la exactitud usando checksum, etc.

Un saludo.