Si, con javascript podés cambiar propiedades CSS. Y la función lo lográs con el evento 
onmouseover que va en la etiqueta; por ejemplo:    
Código CSS:
Ver originalinput {background-color:White;}
div:hover input {background-color:Blue;}
  
es equivalente a:    
Código HTML:
Ver original<div onmouseover="document.getElementById('input').style.backgroundColor='Blue';"> 
  
Puedes ver más de esto: http://stackoverflow.com/questions/608788/css-hover-vs-javascript-mouseover