Tu problema esta en que te confundiste al crear el array de data. Si revisas bien, donde dice "Firefox" no es un índice sino un valor del array (Excepto donde esta lo de name:Chrome). Es decir:
Código PHP:
$data = array(
array('Firefox', 25),
array('Firefox', 35),
array('name'=>'Chrome', 'y'=>12.8)
etc...
);
La funcion json_encode alternará entre [ y { automáticamente.