Pues es lo que te han dicho. Mira como hacer una función. Tu script debe ser una. Cuando lo incluyas no se ejecutará, sólo cuando llames a la función.
Un ejemplo sencillo:
Código:
function imprime_a() {
echo "Imprimo a";
}
imprime_a(); //Esto ejecuta la función e imprime a
Sólo tienes que meter todo tu script dentro de una función con el nombre que quieras y luego llamarla, como en el ejemplo. También puedes pasarles variables y tal vez te sea más últil que como lo tienes ahora.