lo de las lineas es por que lo que tu das como enter es en la base de datos \n\r pero para html un salto de linea es <br/> podrías usar la función de php
nl2br para que te coloque los saltos de linea.
Para lo otro, podrías usar eval para ejecutar el código php, aunque no te lo aconsejo. Otra cosa es que si sólo quieres que tenga color, lo pases por una función que lo coloree y lo guardes o bien que al leerlo lo colorees.