Correr shell desde java

[zero0097]

pues tendrias que ejecutar una terminal que ejecute tu shell..

algo así:
Runtime r = Runtime.getRuntime();
Process p = r.exec("comando para correr la consola y de volcado de tu archivo shell");

Y listo, la terminal que uses se ejecutara y volcara tu archivo si es que se lo pasaste como parametro al comando de ejecución...

La ventana no se verá, ya que la JVM canaliza la entrada y salida de esa aplicacion mediante Streams, que con el objeto de Process vas a poder obtener.....