Hola
 
respondiendo a tus preguntas 
"{ 1- } 
ahora mi gran duda es.. ¿ En cakephp, cada tabla es un modelo ?
 
y mi otra duda..  { 2 - }¿ Hay alguna forma de extraer los datos de una tabla sin tener que relacionarlas ?"  
1- Para que puedas acceder a tus datos con las herramientas que ofrece cakePHP efectivamente debes hacer los modelos para cada tabla y relacionarlas. 
docs para versión 2.x
 http://book.cakephp.org/2.0/en/models.html 
2.- Si no están relacionadas las tablas 
y existe el modelo para dicha tabla  entonces puedes usar el $this->loadModel('nombreModelo'); 
docs: 
http://book.cakephp.org/2.0/en/controllers.html#Controller::loadModel 
Ojo con tus consultas, un query del tipo "$this->query("SELECT idinstitucion,nombre FROM institutos ORDER BY nombre ASC"); " no es para nada recomendable. 
Es mejor que crees el modelo para la tabla 
institutos y le pones $uses = institutos (si asi se llama) 
y luego haces la consulta desde el controlador de la forma:  
 Código PHP:
    $this->Institutos->find(all, array('fields'=>array('nombre', 'id'))); 
    
  http://book.cakephp.org/2.0/en/models/retrieving-your-data.html 
Saludos