Es que no se muy bien para qué lo vas a utilizar. Supongamos que el nombre de imagen la sacas de una base de datos y metes el nombre en alguna variable.
$nombre_imagen = 'prueba.png';
<img src="crea_marca_de_agua.php?nombre_imagen=$prueba" />
Y eso le enviaría el nombre de la imagen prueba.png (si es necesario envía también la ruta) al script crea_marca_de_agua.php y éste devolvería la imagen con la marca de agua.
Si quieres más ayuda explica mejor tu duda.
De todas maneras lo ideal sería que hicieras una cache. Toda imagen que hayas convertido la guardas en una carpeta por ejemplo /con_marca_de_agua y ahí guardas toda imagen que hayas generado con el script con los parámetros que hayas usado.
No se. ma_prueba.png así cuando vuelvas a necesitarla compruebas que ya la tengas creada y de esta forma evitas volver a crearla y liberas mucha carga del procesador.