Estamos hablando de milésimas de micro-segundos, honestamente yo no me preocuparía por algo así.
Porque es mas lento el include con html puro, realmente no lo se, pero no hay mucho para hacer en ese caso, así funciona el parser...
Con respecto a cual utilizar, que diferencia hay entre el html puro y tu clase Menu ?, yo no veo ninguna, si quieres crear una clase para el manejo de menus te dejo una referencia a un componente que talves de sirva de referencia o mejor aun, puedes utilizarlo
KnpMenu.
Saludos.