Soluciones para tu problema yo veo dos:
- Usar directamente el exportador de phpmyadmin que hace el proceso de manera limpia sin preocuparse.
- Ha a traves de la consola de sql directamente ingresando el comando.
La desventaja del primero es el tiempo maximo de ejecución por eso la mejor opción a mi parecer es la segunda.
Puedes adaptar este post a tus necesidades
http://www.tech-recipes.com/rx/2345/...ly_into_mysql/