Como hacer esta select

[antoniopol]

Creo que te has explicado mal, me imagino que querras sacar todas las ciudades que no esten en ciudades_has_pueblos ya que no has puesto ninguna tabla "pueblos", si quieres sacar las ciudades que no esten en has pueblos seria asi:

Código MySQL:

SELECT id, ciudad
From ciudad
Where id NOT IN (select distinct(id_ciudad) from ciudades_has_pueblos)
 

Espero que te sirva.