Utiliza una codificación estandarizada para tu HTML y asegúrate de respetar las reglas del estándar elegido que puede ser:
- HTML 5
- xHTML 1.0 estricto
- xHTML 1.0 transicional
- etc.
Elige uno, agrega el tipo de documento (DTD) en tus HTML y luego lo pasa por el validador:
http://jigsaw.w3.org/css-validator/
Si respetas los estándares HTML y CSS ten por seguro que los problemas serán mínimos y sólo deberás hacer algunos pequeños ajustes para que tus páginas se vean bien en casi cualquier navegador, incluido iExplorer.