Primero un error esta que tanto en PHP como en Javascript cuando pongas las mismas fechas en ambos los resultados son diferentes ejm:
en Javascritp al hacer esto
Código Javascript
:
Ver originalvar fecha = new Date("2012-09-03").getTime();
//esto te devolvera 1346630400000
para que en PHP te devuelva la manera correcta debes hacer lo siguiente
Asi te estara devolviendo la fecha correcta y podras comparar de una manera correcta las fechas que te devuelve el PHP y el JavaScript.
En cuanto a tu validación
if(js_ini < desde_plan || js_fin > hasta_plan)
trata de hacerlo de la siguiente forma