Con esta funcion de la api de Drupal podras encriptar el password que haya puesto el usuario:
http://api.drupal.org/api/drupal/inc...ash_password/7
De todos modos creo que lo más "complicado" es que vos puedas usar Drupal fuera de su entorno, has logrado conseguir eso? Porque si tenes acceso a la API de Drupal no te hace falta usar esta funcion, existe otra que directamente te loguea el usuario.
Saludos.