Código PHP:
Ver originalvar desde_plan= <?php echo $php_ini; ?>; // Quita las comillas para que sea un entero
var hasta_plan= <?php echo $php_fin; ?>; // Igual aquí
var llegada = document.form1.llegada.value;
var salida = document.form1.salida.value;
// Yo preferiría buscar por id, por compatibilidad entre navegadores
var llegada = document.getElementById('datepicker_1').value;
// Y ya que estás usando jquery, puedes hacerlo así:
var salida = $('#datepicker_2').value;
js_ini = new Date(llegada).getTime() / 1000;
js_fin = new Date(salida).getTime() / 1000;
// Compruebas si los números a comparar están correctos
alert(desde_plan + ' - ' + hasta_plan + '\n' + js_ini + ' - ' + js_fin);