En una base de datos, por defecto es insensible a mayúsculas, a menos que le indiques que el campo sea de tipo binario. En el caso de un archivo, la comparación la hace php así que ahí sí es sensible a mayúsculas, por lo que para comparar te recomiendo algo así:
De esta forma no necesitarías guardar los datos en minúsculas, y por tanto no tendrías que convertir los datos previamente almacenados.