Será por que el cambio a letra capital lo hace desde php, no con javascript. Y por supuesto que a sus archivos php no puedes acceder, en todo caso podrías ingeniartelas a borrar cualquier caracter que no sea alfabetico o alfanumerico.
luego dividir las palabras y al final aplicar ucfirst a donde te convenga
http://php.net/manual/en/function.ucfirst.php