hola, pues si tus prosedimientos y formulas supersecretas valen tanto tal vez no debas publicarlas en un host rentado y compartido, si son tan valiosas paga un host dedicado e inpide el acceso a una carpeta y ponlo ahi.
si eso no te convence y es tan valiosa tu aplicacion tal vez puedas permitirte el lujo de pagar una licencia de:
http://www.zend.com/en/products/guard/
salvo que tu aplicacion sea de seguridad nacional, no creo que debas ser tan paranoico.
saludos.