Si alguien respondió antes de que escriba esta respuesta, olvídese de pensar en la solución. En esta sección encontré que el horror (por no decir error), era que en la variable 
$marcaGet o
 $marcaChe deben ir entre comillas :( 
Además lo deje de esta forma:   
 Código PHP:
    <?php
            
$idmenu     = $_GET['menu'];
$marcaGet     = $_GET['marca'];
$marcaChe    = $_GET['marca_coche'];
$bandera     = 0;
            
if(isset($idmenu)) { $bandera = 1; }
if (isset($idmenu) and isset($marcaGet)) { $bandera = 2; }
if (isset($idmenu) and isset($marcaGet) and isset($marcaChe)) { $bandera = 3; }
                
if($bandera == 1) {
    $selectBusqueda = "Select id_menu, codigo_barras, nombre, anio, caracteristicas, marca.marca, mcoche.marca_coche, model.modelo, sub.submodelo, version, precio, 
                            Group_Concat(Distinct anio Order by anio Desc Separator ', ') as anio_concatenado
                            From productos as prod
                            Left Join marca as marca On (id_marca = prod.marca)
                            Left Join marca_coche as mcoche On (id_mcoche = prod.marca_coche)
                            Left Join modelo as model On (id_modelo = prod.modelo)
                            Left Join submodelos as sub On (id_submodelo = prod.submodelo)
                            WHERE id_menu = $idmenu
                            Group By codigo_barras, nombre, caracteristicas, marca.marca, mcoche.marca_coche, model.modelo, sub.submodelo, version, precio";
                            
     $queryBusqueda=mysql_query($selectBusqueda);
     $numRegistros=@mysql_num_rows($queryBusqueda);
}
            
if($bandera == 2) {
    $selectBusqueda = "Select id_menu, codigo_barras, nombre, anio, caracteristicas, marca.marca, mcoche.marca_coche, model.modelo, sub.submodelo, version, precio, 
                            Group_Concat(Distinct anio Order by anio Desc Separator ', ') as anio_concatenado
                            From productos as prod
                            Left Join marca as marca On (id_marca = prod.marca)
                            Left Join marca_coche as mcoche On (id_mcoche = prod.marca_coche)
                            Left Join modelo as model On (id_modelo = prod.modelo)
                            Left Join submodelos as sub On (id_submodelo = prod.submodelo)
                            WHERE id_menu = $idmenu
                            and marca.marca = '$marcaGet'
                            Group By codigo_barras, nombre, caracteristicas, marca.marca, mcoche.marca_coche, model.modelo, sub.submodelo, version, precio";
                            
     $queryBusqueda=mysql_query($selectBusqueda);
     $numRegistros=@mysql_num_rows($queryBusqueda);
}
            
if($bandera == 3) {
    $selectBusqueda = "Select id_menu, codigo_barras, nombre, anio, caracteristicas, marca.marca, mcoche.marca_coche, model.modelo, sub.submodelo, version, precio, 
                            Group_Concat(Distinct anio Order by anio Desc Separator ', ') as anio_concatenado
                            From productos as prod
                            Left Join marca as marca On (id_marca = prod.marca)
                            Left Join marca_coche as mcoche On (id_mcoche = prod.marca_coche)
                            Left Join modelo as model On (id_modelo = prod.modelo)
                            Left Join submodelos as sub On (id_submodelo = prod.submodelo)
                            WHERE id_menu = $idmenu
                            and marca.marca = '$marcaGet'
                            and mcoche.marca_coche = '$marcaChe'
                            Group By codigo_barras, nombre, caracteristicas, marca.marca, mcoche.marca_coche, model.modelo, sub.submodelo, version, precio";
                            
     $queryBusqueda=mysql_query($selectBusqueda);
     $numRegistros=@mysql_num_rows($queryBusqueda);
}
            
            
 
?>    
  Trato de ver si la segunda sección es por esto mismo. Saludos!!