Bueno, no te voy a hablar de plugins ni nada por el estilo, pero según tengo entendido, cuando se hace una consulta a un sitio hecho con WordPress, la consulta se hace en el siguiente orden.
Primero se busca en los plugins, luego en el archivo functions.php del theme y finalmente en el theme.
En ese sentido lo que suelo hacer es crear un theme lo más personalizado posible, para eso te recomiendo ese enlace
http://codex.wordpress.org/Template_Hierarchy
Saludos.