como meter resultados de consulta en array de esta forma?

[ocp001a]

Debes comprender la forma en que trabajan los arreglos. La coma no es necesaria, a menos que declararas el arreglo de forma "manual", es decir por código y no de forma dinámica, como lo necesitas si lees desde la base de datos.

Por lo que veo quieres construir el arreglo como si fuera una cadena de texto, cuando no debe ser así, ya que tendrías que hacer un eval a ese código.

¿Realmente existen los campos "nombre" y "RPE" en la tabla? si existen y tienen datos, prueba a imprimir el arreglo resultante.

Código PHP:

$sql="SELECT nombre, RPE  FROM organigrama WHERE nombre LIKE '%$term%'";
$resultado = mysql_query($sql) or die('Error en la consulta'.mysql_error());
while ($fila=mysql_fetch_assoc($resultado)) {  //obtenemos en forma asociativa la fila ej: array('juan'=>'hola')
    $items[] = $fila;//agregamos la fila a un array, obteniendo un array como el que pides.
}
 
var_dump($items);