Creo que te complicas un poco, porque tienes un array (numérico) que contiene solo arrays (asociativos) de dos elementos y bien puedes usar como indice 'idprovincia':
Código PHP:
Ver original if (isset($mapa_6_provincias[$datos['idprovincia']])) { // Ya existe, sólo sumas 1
$mapa_6_provincias[$datos['idprovincia']]['cantidad'] ++;
} else {
// No existe, creas el elemento
$mapa_6_provincias[$datos['idprovincia']] = array('nombre' => $datos['nompro'], 'cantidad' => 1); }
}