Duda con framework hibernate(JPA)?

[juanesteban17]

Buena noches

Estoy haciendo un proyecto con java, javaserverfaces, y hibernate(JPA)
pero me surge la siguiente duda, a la hora de generar los entity from tables
se da la opción de generar las relaciones de las entidades, mi pregunta es la siguiente, recomiendan trabajar con dichas relaciones o no?
Que ventajas y desventajas tiene trabajar con estas relaciones, o sin ellas?

Gracias por su ayuda de antemano

Si tiene algun link de informacion del tema me serviria mucho..