Hola dryant:
El decir que una consulta es "grande" es algo subjetivo... Por ejemplo yo tengo consultas donde involucro de 15 tablas, pero que en realidad son "pequeñas" en cuanto al número de registros y campos involucrados y por lo contrario, tengo consultas de dos o tres tablas donde involucro muchos campos o validaciones complejas que hacen las consultas enormes...
Sin embargo, es muy importante que tengas un adecuado manejo de índices en tus consultas, para que estas no sean tan "pesadas" al momento de ejecutarse en el servidor. Es conveniente que le hagas un EXPLAIN a tus consultas, para verificar el plan de ejecución y descubras si hay alguna forma de optimizarla.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/explain.html
En lo particular, cuando tengo alguna consulta que implica muchas validaciones, procesamiento o simplemente son muy complejas para hacerlas en una consulta "simple", prefiero utilizar Procedimientos Almacenados. Estos te permiten hacer lo que estás proponiendo, es decir, "partir" tu consulta, aunque esto tampoco implica que los tiempos de respuesta o procesamiento mejoren sustancialmente.
Saludos
Leo.