JavaScript se ejecuta en el navegador del usuario (Cliente). PHP se ejecuta en el Servidor.
No mandas a ejecutar desde PHP una sentencia de JavaScript, sino que haces que el codigo JavaScript impacte en el navegador... para lo cual la única forma es que PHP lo envíe como output dentro de un echo
¿Realmente necesitas un ejemplo para entender ese detalle?
Pues usa Google y encontrarás miles:
http://pabloruizisrelaxing.wordpress...dentro-de-php/