Código HTML:
<script type="text/javascript">
location.href="index.php";
</script> ¿Y si le quitas esta parte? creo que esta haciendo primero una redireccion a index.php y es por eso que no lanza el mensaje o como te dijeron más arriba no hace falta volver a declarar el mismo archivo 2 veces, es mejor djarlo solo en el header y mandarlo a llamar con etiquetas <script> javascript
:showDialog('Warning','User o pass incorrecto.','warning'); </script> .