Hola lleonsolo:
  
Código:
 ¿Se puede crear una BD en mysql que no sea mediante linea de comandos?,
  Si, es posible crear bases de datos sin que sea mediante de comandos.  
Código:
 ¿para crear una base de datos en un entorno empresarial, existen
alternativas a mysql?
  ¿A qué te refieres con 
entorno empresarial?  
Código:
 Existe alguna interfaz grafica mas amigable para gestionar una base de
datos que no sea la linea de comandos en mysql?
  Si, algunas gratuitas como 
Workbench o 
heidisql/ 
y otras de paga como 
SQLyog o 
Navicat 
Entre otras muchas... 
http://www.databasejournal.com/featu...-GUI-Tools.htm  
Código:
 ¿Podria alguien decirme como funciona mysql o una base de datos, es
decir , existe una parte server donde se guarda y otra parte cliente desde 
la que se accede ?
  Estos son fundamentos de Base de Datos... si preguntas esto tienes un grave problema y deberías de tomar cualquier libro para principiantes y comenzar a leer... y mucho.  
 Cita:  Ademas de esto sabeis de buenos tutoriales para mysql o alguno otro
que me pudiera iniciarme en el funcionamiento de las BBDD y quitarme este jaleo
mental que tengo.
    No hay manual más completo que la documentación oficial...   
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/index.htm 
Y recuerda preguntar siempre a SAN GOOGLE... el tiene muchas respuestas que te pueden ayudar. 
Saludos
Leo.