Por lo que se, mucha gente lo hace con un plugin para joomla, no recuerdo el nombre, aunque se me presento un caso con un cliente que tenia el mismo problema.
Tal vez esto te ayude:
http://rosstanner.co.uk/2012/02/joom...index-php-url/ http://www.eprcreations.com/remove-i...m-joomla-urls/
El primero me ayudo, no tuve que usar el plugin
En todo caso, tal vez alguien tenga mejores conocimientos en joomla que yo y te pueda ayudar o bien con un htaccess nuevo.